医疗污水处理站位于北京西路南侧，距离院区约50m，占地面积为50*30m，设计处理规模1200m³/d，处理工艺为“A/O工艺+二氧化氯消毒”，目前医院污水处理站实际处理量约553.1m³/d。

若污水处理站运行过程中设备故障、各工艺段参数异常或停电等均可能导致污水处理效率降低，造成污水未经处理或处理不达标排放的事件，而未经处理或处理不达标的医疗废水除主要污染因子COD、SSS、NH3-N、BOD5外，还含有较高浓度的大肠菌群和各种病原体，如果任其排放进入市政污水管网或地表水体，这些病毒、病菌和寄生虫卵在环境中将成为一个集中的二次污染源，引起多种疾病的发生和蔓延，严重威胁人类的身体健康；若因新庄污水处理厂没有去除细菌的功能，细菌将会毒害污水处理厂的生物，削减其处理功能，使得处理废水不能达标，增加了南明河下游各类污染物含量，造成南明河的水质污染。

医院院区建有专门的医疗废物暂存间，用于日常手机、暂存医疗废物，暂存间内已做好防腐防渗防淋浴处理，同时由专人管理保洁，并做好日常台账记录。由于医院住院楼、综合楼等产生医疗废物的区域与医疗废物暂存间有一定距离，保洁人员日常利用推车或医疗废物收集箱将收集的医疗废物转运至暂存间暂存，在运输过程中可能存在推车或收集箱侧翻导致医疗废物洒落或日常管理不善导致医疗废物流失事件。

医疗废物的流失、洒落、扩散和意外事故可造成严重后果。医疗废物含有大量的病原微生物、寄生虫和其它有害物质。由于其携带病菌的数量巨大，种类繁多，具有空间传染、急性传染、交叉传染和潜伏传染等特征，危害性较大。另外，化学性医疗废物具有毒性、腐蚀性、易燃易爆性，若保管或处理不当，可能引发火灾、传染病暴发等事故。当医疗垃圾暂存间缺乏管理或管理不善导致医疗垃圾发生撒落或丢失事件时，撒落的垃圾会对环境造成污染，尤其是一次性注射器等极具危险的医疗垃圾，如果被再次利用将导致疾病的传播和蔓延，并可能造成人身伤害。另外，下雨天泄露的医疗垃圾淋滤水进入雨水系统，排放后会对地表水环境造成污染。